会社にとって不利益なことをされましたが，就業規則に懲戒の理由として書かれていません。今から就業規則を変えれば，懲戒処分をすることはできるでしょうか？

それはできません。
処分される人にとって不意打ちになるからです。
もっとも，就業規則に書かれているかどうかについては，専門的な判断が必要かと思います。