相続人に長年連絡の取れない行方不明者がいる場合、どうしたらよいでしょうか？

まずは，住所を探すことが考えられます。
住民票や戸籍を追っていくことで現在の住民票上の住所が分かります。
その住所に住んでいれば，手紙を送ったり，直接赴いたり等して交渉をすることができます。

住所が見つからない場合には，家庭裁判所に不在者財産管理人選任の申立（家事事件手続法１４５条以下）をするという方法があります。
同申立は，不在者の従来の住所地又は居住地を管轄する家庭裁判所にする必要があるため，場合によっては，遠方の裁判所まで申立にいかないといけないケースがありえます。