自宅で待機するように命令したいのですが，許されますか？

許される場合と許されない場合があります。

自宅待機は懲戒処分ではないと裁判上されており，職場秩序維持の観点からとられる一種の職務命令であるので，就業規則上の根拠がなくても，自宅待機命令をなすことができます。もっとも，原則として賃金はきちんと支払わなければいけません。

賃金を支払わなくてよい例外にあたるケースについて，裁判例（日通名古屋製鉄作業所事件。名古屋地判平３・７・２２）では労働者を就労させないことについて，不正行為の再発，証拠隠滅のおそれなどの緊急かつ合理的な理由がある場合か，これを実質的に出勤停止処分に転嫁させる就業規則上の根拠が存在する場合だけだとしました。

同裁判例では，単なる労使慣行や組合との間で口頭了解していただけでは賃金の不払いは許されないとしています。
なお，賃金を支払っていたとしても期間が長期に及んだ場合等，許容されないケースもあります（ネッスル事件。静岡地判平２・３・２３等）